据了解，在2009年食品安全法出台前很长一段时间，食品安全监管领域实行分段监管体制，农业部门管农产品生产、质量技术监督部门管食品生产、工商行政管理部门管食品流通、食品药品监督管理部门管餐饮服务活动。
部分委员提出，实践证明，监管部门越多，监管边界、模糊地带就越多，既存在重复监管，又存在监管盲点，难以做到无缝衔接，监管责任难以落实，食品安全“九龙治水”的监管体制问题太多。
洪毅说，食品安全法只是把生产环节和经营环节纳入了食品安全范围，只是提出了供食用的农业的初期产品，也就是食用农产品的质量管理，按照农产品质量安全法有关规定监管，没有将两部法律衔接起来，统筹考虑。
“这就是说，我国的食品安全法中引出两个概念，一个叫食品，一个叫食用农产品。老百姓分不清楚什么是食品、什么是食用农产品。他就知道吃的东西就是食品，在法律中不界定清楚，就会出现很多问题，如监管交叉、监管不到位等，形成的社会危害或者说给人民群众造成的损失很难弥补。”
刘振伟委员提出，食用农产品和食品在实践中的界限不清楚，管理的边界也不完全清晰，修法时要把两部法律衔接好，无缝对接。
王陇德委员认为，草案总则中的一些规定，对原来的多头执法、职责不清解决得比较好，但总体来说，对主要监督部门的职责还是阐述得不清楚。
“食品安全监管，农业部的职责是什么？草案里谈得很少，只是提到食用农产品的质量安全管理，遵守农产品质量安全法的规定，农业部门到底应当做什么工作，应该在此次修法中说明。”“我国还有个特殊情况，质量监督检验部门也承担食品安全相关监督执法任务，草案中分散谈到了它的职能。建议在草案总则里对几个监督执法部门的职责明确做出阐述。”王陇德说。