A2奶源和常规奶源之间的主要差异在于牛奶中的蛋白质类型。
常规奶源的牛奶中存在两种主导蛋白质：α-酪蛋白和β-酪蛋白。其中，β-酪蛋白是最主要的蛋白质，约占牛奶蛋白质的70～80%。然而，部分人群可能对β-酪蛋白存在过敏反应或难以消化，这可能会导致不适或消化问题。A1和A2β-酪蛋白的蛋白质结构存在差异。A1在消化过程中会形成β-酪啡肽-7（BCM-7）。多项研究表明，A1或BCM-7与部分婴儿患1型糖尿病风险升高、免疫反应、消化功能紊乱、自闭症和呼吸功能障碍之间存在关联。
差异一、A2奶源的牛奶中的主要蛋白质是A2-酪蛋白，不含A1-酪蛋白。A1-酪蛋白被认为是一种与消化相关的蛋白质，可能引发不适和消化问题。因此，一些人选择饮用A2奶源的牛奶以避免可能的不适。不同于A1，A2不会形成BCM-7。BCM-7是一种外啡肽，可以与机体多种系统相互作用。另外的研究表明，A2β-酪蛋白不会形成BCM-7，这与母乳中的β-酪蛋白相类似。因此，基于A2β-酪蛋白制成的配方奶因为不含A1β-酪蛋白，可能更接近母乳，从而更有利于促进婴幼儿的生长发育。
差异二、A2奶源的牛奶被认为更易于消化，但关于它对健康的具体影响仍存在一些争议。部分研究表明，饮用A2奶源的牛奶可能对消化系统更为友好，可以减轻不适症状，然而其他研究则认为其与常规奶源的牛奶在健康效果上并无显著差异。同时一项最新的以中国学龄前儿童为对象的普通牛奶（含A1beta-酪蛋白）和只含A2beta：-酪蛋白的牛奶对于儿童消化影响的随机数据显示，使用A2牛奶替代普通牛奶（含A1beta：-酪蛋白）可以减轻中国学龄前儿童与牛奶不耐受相关的胃肠道症状，并且能够相应地改善他们的认知表现。
差异三、全球仅有30%的奶牛所产的奶源为a2奶，因此a2奶粉显得尤为珍贵。由于a2奶的产地多为澳大利亚和新西兰等国家，这使得a2奶粉在价格上比普通奶粉要高一些，而且价格差异也可能较大。然而，关于A2奶源对健康的具体影响还需要更多的研究来证实。
总的来说，A2奶源和常规奶源的主要区别在于其牛奶中的蛋白质类型。A2奶源的牛奶中主要含有A2-酪蛋白，而常规奶源的牛奶则含有A1-酪蛋白。选择饮用A2奶源的牛奶可能有助于避免部分人群对A1-酪蛋白的过敏或消化问题。在选择奶源时，最好根据个人体质向专业人士进行咨询。