而国产乳粉销路不佳之外，良种繁育体系不健全，牧业人才匮乏，贷款融资困难，生产和流通成本高等因素更是成为当前制约我国乳业发展的瓶颈。
国内奶牛配种退化
近年来，我国奶牛总体质量较差的面貌仍没有得到根本转变。记者了解到，目前我国真正的良种高产奶牛数量仅占奶牛存栏总数的1/5，奶牛平均单产量为5吨，仅是美国的1/2左右。
“好牛下好犊，好牛产好奶。使用奶牛进口冻精繁育的犊牛，在遗传性能、生长发育、产奶数量及质量、基因血缘等方面都要优于传统方式繁育的奶牛。”内蒙古锡林浩特伊利牧业发展有限公司场长万兆会说，牧场的3000多头基础母牛全部进口，配种也使用进口冻精，约180元一枚，“如果用国内的种公牛冻精，假数据多，没有通过后裔测定，下一年度牧场就毁了。”
内蒙古正蓝旗桑根达来镇敖力克嘎查党支部书记布和敖尼苏告诉《经济参考报》记者，当地牧民养的是2003年时进口的澳牛，当时单产量每天达到35至40公斤，“后来配种用的是国产冻精，几年下来奶牛退化严重，现在每日单产就只有20公斤了。”
在中国乳业协会副理事长、育种委员会主任张沅看来，与发达国家相比，我国在奶牛品种遗传素质和选育技术上还存在很大差距：一是奶牛品种改良工作指导思想不明确，缺乏稳定的育种目标。基层牧场和牧民存在“不选种，不选配，重表面，轻数据”等问题。二是始终未建成规范的良种奶牛繁育体系，生产性能测定、后裔测定、品种登记等工作流于形式，甚至不少地区记录数据存在造假行为。三是奶牛群体遗传改良体系不健全，机制不完善，迄今尚未形成自主培育和选育优秀种公牛的能力。
多年来，我国使用的种公牛主要依赖进口，“过去一头种牛的上船价是600美元，近年来由于中间商炒作，在澳大利亚的上船价已经涨到一头2500美元。”张沅说，尽管如此，我国也快把澳洲的种牛买光了。辽宁省畜牧兽医局总畜牧师李铭兴说，我国只有培育自己的种源，才能摆脱国外的控制，才能真正参与国际乳业竞争。
高端人才每年缺口超70%
我国畜牧业优化升级需要大批养殖、防疫、饲料加工、食品机械维修、市场营销等一系列专业人才。据不完全统计，我国畜牧兽医行业高端技能型人才每年缺口在70%以上。
《广东省畜牧业“十二五”发展规划》显示，“十二五”期间，广东省畜牧业每年需新增技术人员1万人以上，广东省现有畜牧兽医专业技术人员2万多人，其中系统掌握养殖和疾病防治技术的操作技能型人才仅占30%左右，其中大专以上学历的比例不足10%，有近1.5万人需接受再培训。
在山东省高校毕业生畜牧兽医类2013年就业招聘会上，国内外600多家畜牧企业提供了2.2万个岗位，应聘者与岗位需求达到1：7。即使涉农企业开出的条件很诱人，不少应届毕业生还是选择了离开。郑州牧专毕业生王然告诉记者，养殖场大多在偏僻的郊区，工作封闭，很少与外界沟通，不到半年他就辞职了。内蒙古奶联科技有限公司牧场运营事业部副总经理温瑞强说，公司旗下13个牧场，兽医、配种员都缺，每年都去招人，“很多应聘者说，宁愿大学毕业去商场卖家电，也不愿意来干这个。”
“农产品的生产周期长，从事农牧业首先要耐得住寂寞。”河南农大招生就业处处长张留湛说，该校每年涉农专业毕业生1000多人，选择就业的学生中，大部分人仍将留在大中城市作为就业首选。
内蒙古锡林浩特市农牧业局副局长乔振国认为，当前我国畜牧业人才教育存在三大问题：一是畜牧专业教材更新缓慢，教学内容陈旧，与生产脱节。二是毕业生普遍存在工作能力不强，专业操作能力不熟练。三是职业素养有待提高，不少学生欠缺正面积极的职业心态和正确的职业价值观，到单位工作不久便跳槽。
国家乳业技术产业体系首席科学家李胜利表示，随着乳业企业的加速整合，缺乏合格的大型牧场管理人员将成为我国牧业现代化面临的重大挑战。
利润大部分被金融机构赚走
金融机构对乳业贷款支持普遍不足。呼和浩特市土左旗畜牧局奶源监管大队大队长刘利平说，今年全旗43家规模化养殖场贷款需求共计1.15亿元，“有的想买牛，有的想增加设备。”但他估计，最后能办下贷款的没几家。
锡林浩特市鑫锡旺养殖场总经理闫永平说：“银行贷款大多是‘事后诸葛亮’，养殖场一般都是先通过民间借贷应急，然后才通过银行贷款来偿还。”山西山阴县合盛堡乡奶牛养殖协会会长陈永和说，4月份以来奶价一直走低，民间借贷难度加大，银行更不敢贷款给奶农了。
多家奶牛合作社负责人表示，，贷款难主要难在牧场没有抵押物。由于各地土地确权工作进度不一，内蒙古、山西多地牧场都没有土地证，银行不予评估放贷。即便办下了贷款，还贷周期与奶牛的生产周期也不配套。一般奶牛场从基建到买牛到最后产出效益，最低需要3年。“这些用于基础投资的贷款，银行都要求一年就要还本付息，只能先找小额贷公司垫资还贷。”
贷款手续费用高、利息高也占去了奶农合作社的大部分利润。据锡林郭勒盟农牧业局畜牧科科长恩克介绍，目前银行贷款利率大多在11%上下浮动，而且抵押评估和公证等费用都给牧民增加了不小的负担。“养牛的利润大部分都被金融机构赚走了，现在净利润率不到10%。”
成本高企四成乳品加工企业亏损
中国社会科学院畜牧业经济研究中心主任刘玉满表示，“三鹿事件”暴露的乳品质量安全问题，一度掩盖了我国乳业长期以来产业结构扭曲的问题。这两年矛盾开始逐渐凸显。
一方面，我国的奶牛养殖规模程度偏低，一些大型牧场饲养成本偏重，实际利润偏低；另一方面，我国的奶牛养殖成本优势已不存在，收奶价格已大大高出全球平均价格，这导致了近四成的乳品加工企业处于亏损状态、奶粉越来越依赖进口。
农业部数据显示，2009年至2013年间我国主要饲料产品价格呈逐年上升趋势，年均涨幅达10%。其中，作为奶牛养殖最为重要的原料，玉米、豆粕价格近年来总体上呈现波动上升的走势。
随着我国工业化、城镇化程度逐步提升，农业劳动力等生产要素成本不断上涨。据北京农业部门监测，京郊农村劳动力26个农产品品种平均成本由2009年的43元/工日提高到2013年的81元/工日。
辽宁省阜新县畜牧兽医局局长韩学军说，农村劳动力价格增长太快，“五年前每天50元，现在给100元都很难招到人。”国际奶业经济学会公布的数据显示，2013年全球原奶均价折合人民币3.08元／千克；美国、新西兰和欧盟的原奶均价都在3元／千克以下，而我国一度突破了4元／千克大关。
在激烈的市场竞争环境下，各企业都不遗余力打造销售渠道，金字塔式的销售模式、返点销售、高强度广告宣传厮杀等屡见不鲜。贝因美公司2013年年报显示，营业总利润大幅增长，达61亿元，但归属母公司股东的净利润仅为7亿元；而经销渠道费用竟然高达10亿元。