乳一旦被微生物污染，在适宜条件下，微生物可迅速增殖。引起乳的腐败变质；乳如果被致病性微生物污染，还可引起食物中毒或其它传染病的传播，微生物的种类不同，可以引起乳的不同的变质现象，了解其中的变化规律，可以更好的控制乳品生产，为人类提供更多更好的乳制品。
乳制品微生物污染的主要途径为原料污染以及微生物污染。对于原料污染本文咱不介绍，这需要个生产企业本着良心去做事。
微生物二次污染主要是指：乳品加工接触到大量管道，贮灌，工器具等生产设备，还要接触到包装物，人员及生产环境如空气等，在这些物品中的微生物都污染产品，造成产品卫生污染事故。在此食品专家周立法先生表示，要预防乳制品微生物污染需做好以下几点：
一、控制灌装设备及管道系统的卫生死角
平衡槽应好放盖，防止污染室中微生物。做好布袋过滤清洁工作，做好及时更换。
（1）设备清洗和灭菌时一定要保证彻底性，尤其是“死角”，如阀门、垫圈、喷嘴等处，应经常检测是否有结垢现象发生。
（2）空气、地面、墙壁等生产环境要保持清洁，用紫外灯杀菌或用乳酸蒸汽熏蒸灭菌。
（3）保持设备完整性，定期检查，不能有破损。
（4）工人要带口罩和帽子，并保持衬衣、冒、鞋干净啊，设备及用具清洗。工人便后要洗手，并用75%的酒精消毒，并且不能穿工作服和工作鞋去卫生间。
（5）如焚应贮存于干燥、阴凉处，并保持包装的完整性，避免包装损坏吸潮引起微生物大量繁殖，产生二次污染。
（6）浓缩时应用巴斯德消毒法，将乳品液体在63℃—65℃保持30min或采用高温瞬时消毒法即63℃—65℃30min加热，然后迅速冷却，以杀死其中可能存在的病原体。还有注意加工车间的环境卫生条件，建立健全车间，设备，库房，运输工具及生产过程中的卫生制度。乳制品生产应采用先进的生产工艺和合理的配方，流程尽量缩短，尽量实现生产的连续化，密封化，减少乳制品接触周围环境。对乳制品的从事人员，尤其是直接接触乳制品的加工人员，加强卫生教育，保持良好的个人卫生。乳制品在贮存，运输，和销售过程中，场所应保持高度清洁状态，做到无尘，所用容器要消毒，在销售中尽量缩短贮存期。
二、控制操作工人的微污染
1、控制工人自身新陈代谢物最直接有效的方式为：在生产前换工作鞋、换工作服、戴工作帽、佩一次性口罩，工作衣、帽应穿戴整齐，头发不得露在衣帽外面，禁止涂口红、化妆、喷香水、涂指甲油、佩戴任何饰品、手表等。
2、进车间前手部彻底消毒，建议安装“Q8自动感应手消毒器”，如采用75%医用酒精作为消毒介质流程为：“感应给皂机洗手—水龙头冲洗—感应式烘干—感应式手消毒”；采用其他消毒液作为消毒介质流程为：“感应给皂机洗手—水龙头冲洗—感应式手消毒—感应式烘干”；建议选择第一种方式，因为酒精挥发后手部无任何残留。以首次手部杀菌后时间计算，建议每隔60-90分钟对手部消毒一次，阻隔手部细菌的滋生及繁衍。
3、生产过程中接触成品的操作必须戴上一次性手套，手套要完整、无破损、不透水，当手被污染后必须按上述洗手消毒程序重新洗手消毒。
三、灌装车间空气污染控制
目前，多数饮料企业已实现在万级、十万级的正压洁净室环境下灌装，殊不知正压洁净室其实为“无尘室”而非“无菌室”，是通过控制尘埃的方式降低细菌含量，其运行的过程中，如空调表冷器滋生细菌、管道内壁繁衍细菌、过滤器蔓延细菌等微污染源，很可能二次污染灌装中的饮品，为食品安全留有隐患，其解决方案为：
1、对洁净室的空调系统及通风系统内安装动态杀菌装置，现洁净室污染控制领域中最新的技术为：NICOLER动态杀菌技术，其安装位置在风道的主管、支管或空调表冷器的前面。等同于将整个净化空调送风系统做成大型的空气消毒机，只要空调开启：车间空气中所滋生细菌、工人身上新城代谢物、管道回风中细菌、新风中含有细菌、系统自身的二次污染物（表冷器、管道内壁、过滤器等所滋生及蔓延细菌），将迅速被分解杀灭，使得食品在真正意义上的“无菌无尘”车间安全生产。
2、如不便于改造，可在正压洁净室内配套安装“食品动态空气消毒机”Nicoler杀毒是一种对人体无毒的杀菌方式。在车间中使用能有效杀灭有害细菌，经国家专业测试能有效灭杀空气中的霉菌、大肠杆菌、沙门氏菌等含菌空气；开机90分钟后，沉降菌≤15CFU/皿•30MIN、空气洁净度≥30万等级，可让加工车间低成本达“无菌无尘”标准；确保食品在这些生产环节中受菌落污染影响不超过国家标准。
总之，饮料灌装厂的风险分析及控制是个系统工程，就食品安全风险课题而言，很难在一篇文章里全部涵盖。最要紧的是食品加工企业应提高对食品安全风险的重视程度与认识水平。从“硬件”和“软件”两方面着手，认认真真地评估、分析与排查，切切实实提出整改和补救方案，不断提出并完善食品安全方案，从而大幅提升食品加工企业的食品安全保障