十二五期间，我国婴幼儿配方乳粉等行业治理安全追溯体系建设成效明显，婴幼儿配方乳粉行业100%纳入食品质量安全追溯体系；乳制品等行业部分企业通过与互联网、大数据、云计算等信息化技术的结合，开展了基于个性化定制的研发、生产，如伊利集团通过定制化研发生产，打造了安全透明的乳制品产业链。大型骨干企业已经进入信息化综合集成应用阶段，部分企业已经将云计算、大数据、互(物)联网、产品追溯等新型信息技术应用于生产、研发、销售等产业链的全过程，乳制品行业两化融合发展指数达到48.4。
乳制品加工设备等的技术进步较快，掌握和开发了一批具有自主知识产权的核心技术和先进装备，装备的国产化率较高，部分装备已摆脱了国外技术垄断与制约。如国内自主开发了6000瓶/时5L大容量吹灌旋一体机、72000罐/时高速易拉罐灌装机、36000~68000瓶/时饮料无菌吹灌旋生产线、采用干法灭菌技术的24000瓶/时高速直线式乳品无菌塑瓶成套装备。
我国乳制品行业食品安全消费信心仍需重塑。2015年抽检数据表明，乳制品合格率99.6%，安全水平位列中国食品行业之首。然而，在2014年我国食品行业主要进口食品品项分布中，乳制品仍占到65.1%，表明我国乳制品行业仍然没有走出低谷，消费信心没有充分恢复。
十三五时期，要促进国内奶牛养殖业与乳制品加工业协调发展，提高人均乳制品消费水平，整合加工资源，优化产业布局，调整产品结构，提高企业国际化水平，提升技术水平和管理能力，保障产品质量安全。十三五期间，全国乳制品产量争取达到年递增5%左右，到2020年，总产量达到3550万吨。
优化产业布局和产品结构。继续发挥重点产区以及大中城市的资源优势，提高资源利用效率，合理配置原料和加工产能；鼓励发展具有地方特色的乳制品，鼓励羊乳、水牛乳、牦牛乳等特种乳制品的开发利用。加快调整产品结构，适应市场消费特点，鼓励发展高附加值的配方乳粉、干酪等产品；积极发展乳蛋白、乳糖等乳品深加工产品。
确保奶源稳定可靠供应。鼓励自建、参股建设规模化奶牛场、奶牛养殖小区，逐步扩大企业自控奶源的比例，支持中国乳品企业到资源优势国家建设基地。鼓励乳制品加工企业通过返还利润、参股入股等多种形式，与奶牛养殖者结成稳定的产销关系和紧密的利益联结机制，大力发展规模饲养，提升奶牛养殖水平，提高奶牛单产，降低生产成本。鼓励乳制品加工企业自行建设或者收购生鲜乳收购站，加快建立生鲜乳质量第三方检测制度与体系。
完善乳品标准体系和质量安全监管体系。对乳制品标准法规体系进行全面梳理，使行业标准法规体系进一步完善，符合行业发展要求。统一国产乳品与进口产品的监管方法和措施要求，保证企业公平竞争。完善乳品冷链物流配送体系及相关法规标准，保障全程冷链及有效实施，确保乳制品质量安全。
提升行业关键技术和装备水平。坚持引进和自主研发相结合的原则，继续开展乳制品关键共性技术研究、集成与示范，重点发展膜分离技术、生物技术、冷杀菌技术、检测技术、流变学分析技术和冷冻干燥技术、干酪加工技术及乳清综合利用技术、直投发酵剂生产技术。支持乳制品质量安全控制关键技术、乳制品中非乳成分和非法添加物检测技术的研究与开发，重视乳制品包装材料开发，提高乳制品加工装备自主化率。