据国家食品药品监督管理总局网站消息，2016年食品药品监管总局在全国范围内组织抽检了25.7万批次食品样品，总体抽检合格率为96.8%，与2015年持平，比2014年提高2.1个百分点。
一是大宗日常消费品抽检合格率总体保持较高水平，粮食加工品为98.2%，食用油、油脂及其制品为97.8%，肉、蛋、蔬、果等食用农产品为98.0%，乳制品为99.5%。二是社会关注度较高的婴幼儿配方乳粉共抽检2532批次，其中有0.9%的样品不符合食品安全国家标准，0.4%的样品符合国家标准但不符合产品包装标签明示值。三是1299家大型生产企业的18030批次样品和19家大型经营企业集团2949个门店的30599批次样品的合格率分别为99.0%和98.1%，比总体合格率分别高出2.2和1.3个百分点。
特别是从2014至2016年的抽检情况看，调味品、饮料、水果制品、蛋制品、水产制品、淀粉及淀粉制品、豆制品、保健食品和食品添加剂等9类的抽检合格率逐年升高。一些社会关注度较高的品种和指标，如乳制品和婴幼儿配方食品中的三聚氰胺、小麦粉中的黄曲霉毒素B1、蛋制品中的苏丹红等，三年抽检样品均全部合格；花生油中的黄曲霉毒素B1、水果干制品中的菌落总数、餐饮自制发酵面制品中的甜蜜素等抽检合格率逐年提高。
2016年抽检中，不合格产品中主要问题有：一是超范围、超限量使用食品添加剂，占不合格样品的33.6%；二是微生物污染，占不合格样品的30.7%，其中因致病性微生物导致的不合格样品占此类不合格的25.6%；三是质量指标不符合标准，占不合格样品的17.5%；四是重金属等元素污染，占不合格样品的8.2%；五是农药兽药残留不符合标准，占不合格样品的5.5%；六是生物毒素污染，占不合格样品的1.1%；七是检出非食用物质，占不合格样品的0.7%；八是其他问题，占不合格样品的2.7%。
导致这些问题的原因主要有：一是源头污染，包括土壤、水源等环境污染导致重金属和有机物在动植物体内蓄积，农药兽药、农业投入品的违规使用导致农药兽药残留等超标；二是生产经营过程管理不当，比如生产、运输、贮存等环节的环境或卫生条件控制不到位，生产工艺不合理，出厂检验未落实等；三是当前基层监管人员总体能力水平与监管任务在一定程度上存在不适应。
针对抽检发现的问题，食品药品监管总局组织各地食品药品监管部门对不合格食品及其生产经营单位及时采取处置措施，2016年共处置生产经营单位9264件次，罚没总额达1.2亿元，下架封存不合格食品428.2吨、召回326.9吨。食品安全监督抽检和处置信息由各级食品药品监管部门按照规定向社会公布。
2017年总局将继续组织全国食品药品监管部门全面推进抽检工作。一是坚持靶向性原则，以重点区域、重点品种、重点项目和大型企业为核心目标，国家、省、市、县四级靶向重点各有侧重，特别是加大对农药兽药残留、重金属及环境污染等因素引起的食品安全问题和与人民群众紧密相关的餐饮食品的抽检力度和频次。二是坚持全覆盖原则，点面兼顾，逐步实现区域、企业、品种、项目、环节及业态的全覆盖。三是坚持计划性抽检与专项抽检相结合原则，根据社会反映较为突出、节令性和突发性等需要，及时有效组织专项抽检。四是坚持抽检效能与质量并重原则，针对抽检工作质量、专项整治工作效果和区域食品安全状况等，探索组织开展食品安全评价性抽检工作。同时，加强经营环节食用农产品监督抽检工作，通过建立集中交易市场档案，明确辖区风险品种和风险项目清单，及时通报、公布抽检结果，追溯不合格产品的来源和流向等举措，进一步促进食用农产品安全。